С 1-го курса студенты факультета фундаментальной физико-химической инженерии МГУ занимаются научной работой на современном научном оборудовании в базовых академических институтах. До 2021 г. научная работа в базовых институтах и лабораториях в основном была сосредоточена в Институте проблем химической физики РАН (Черноголовка) и Институте нефтехимического синтеза им. А.В. Топчиева РАН. В феврале 2021 г. было подписано соглашение между Российской академией наук и МГУ имени М.В.Ломоносова. Целью соглашения является усиление роли институтов РАН химического и химико-физического профиля в реализации образовательных программ факультета фундаментальной физико-химической инженерии и создании условий, направленных на дальнейшее развитие научной карьеры выпускников факультета в институтах РАН. Теперь базовыми институтами РАН – партнерами ФФФХИ являются следующие институты:

• Институт проблем химической физики РАН
• Институт нефтехимического синтеза им. А.В. Топчиева РАН
• Институт химической физики им. Н. Н. Семенова РАН
• Институт физической химии и электрохимии имени А. Н. Фрумкина РАН
• Институт общей и неорганической химии им. Н.С. Курнакова РАН
• Институт синтетических полимерных материалов РАН
• Институт элементоорганических соединений им. А.Н. Несмеянова РАН